1457 -1502 yılları arasında Akkoyunlu sultanı Cihangir oğlu Kasım Mardin’e atanmış ve medresenin inşasına devam etmiştir.

Medrese iki katlı olup, tek bir avlu etrafında ve cami ve türbe ile birlikte külliye şeklinde yapılmıştır.

Kapı çeşitli işlemelerle süslüdür; günümüze kadar bir kısmı tahrip olmuştur.

Binanın batısında Şafiiler’in kullandığı dikdörtgen biçiminde kubbeli mescit bulunmaktadır.

Doğusunda Sünnilerin kullandığı mescit bulunmaktadır.

700 yıllık bir tarihe sahip medresede toplam yirmi üç medrese odası bulunur.

Bunların on biri alt katta, on ikisi üst kattadır. Güneş doğduktan batana kadar tüm derslikler aydınlıktır.

Medresede hem dini ilimler hem fenni ilimler icra edilmiştir.

Sınıf olarak tabir edilen küçük odaların üstünde o dersliğin hangi bilime ayrıldığını gösteren astronomi ve tıp bilimine ait simgeler bulunmaktadır.

Rivayetlere göre Kasım Paşa burada katledilmiştir.

Anlatılanlara göre “Kasım Paşa’nın kız kardeşi, Kasım Paşa öldüğünde kanlı gömleğini ağıtlar yakarak eşliğinde eyvanın duvarlarına sürmüştür ve hala o duvarlara su döküldüğünde duvardaki kan izleri belli olduğu” söylenir.