1460 yılında Amasra'nın fethi sırasında Fatih Sultan Mehmed tarafından camiye çevrilmiştir.

Dönemin tüm yapı özelliklerini taşımaktadır.

Narthex (ilk cemaat) bölümü ve Ambon (Lapsis) çıkıntısı sonradan yapılmıştır. 19x11 m boyutlarındaki cami, 1887 yılında dört duvarı dışında mekanı örten ve yer yer yıkılma tehlikesi gösteren beşik tonoz örtüsü kaldırılmış, ahşap tavan ve çatı yapılarak büyük bir onarımdan geçirilmiştir.

Türkiye'de ve diğer İslam ülkelerinde rastlanılmayan "Cuma hutbesinin kılıç çekilerek okunması" geleneği günümüzde Fatih Camii'nde yaşatılmaktadır.

Bilindiği gibi, Peygamber efendimiz Hz. Muhammed (s.a.v.) savaş kıyafetleriyle gittiği Mekke'de Cuma hutbesini kılıcını kınından çıkararak okuması; yıllarca "Sünnet" kabul edilerek bütün camilerde uygulanmaya başlamıştı.

Geçen 1400 yıllık sürede bu gelenek zamanla unutulmuş olsa da, Amasra Fatih Camii'nde hala sürdürülmektedir.