639 yılında Şaban ayının ortalarında İslam orduları İran ve Mezopotamya'yı fethederken, bölgenin komutanı İyaz bin Ganem, Cizre'ye yaklaşmış ve yöre halkına İslamiyet'i kabul etmelerini söylemiştir. Bölgesinin önemli bir şehri olan medeniyetlerin beşiği Cizre (Ceziretul İbn Ömer), İslamla şereflenmeden önce Bizans zulmünün elindeydi.

İslamiyet'in adil, temiz ve insanları eşit gören bir din olduğunu hem komşularından hem de Cizre-Harran-Şam-Mısır, Cizre-Bağdat arasında çalışan kervan tacirlerinden sık sık duyan Cizre halkı, savaşmadan İslam'ı kabul etmiştir. İslamiyet'i kabul eden Cizre'de, sahabelerin eliyle kiliseden camiye çevrilen Ulu Camii, bölgenin ilk camisi olma özeliğini taşıyor.

Cami, Abbasîler döneminde tamir görmüştür. 1160 yıllarında Zengî Atabeyi Ebü’l-Kasım Mahmud Sencer Şah tarafından yeniden inşa ettirilmiştir. Yapının minaresi 1155 yılında yapılmıştır. Üzerinde mevcut sekiz adet kitabeden 1203 ve 1284 yıllarında da bazı onarımlar geçirmiştir. Ulu Camii, 639 yılından beridir halkın değer verdiği Cizre'nin en önemli ve en büyük camisidir. Cami, birçok bilim adamı yetiştirmiş ve önemli olaylara tanıklık etmiştir. Sibernetik bilimin kurucusu olarak kabul edilen İsmail Ebul-iz El Cezeri, bu camide eğitim görmüş ve birçok eserini burada yapmıştır. Ulu Camii kapısı için tunçtan yaptığı iki başlı ejder figürlü kapı tokmakları Cizre halkının sembolü haline gelmiştir.

Sahabelerin bu camide namaz kıldığını belirten Ulu Cami imam hatibi Murat Denli, "İslam'ın Anadolu topraklarına girmesinden sonra camiye çevrilen kadim Cizre Ulu Camisi'ndeyiz. Burası Cizre halkının nazarında bir Kabe hürriyetindedir. Çünkü bütün camileri Kabe'nin şubesi buda ana merkezi sayılıyor. 1950'li yıllara kadar sadece burada cuma namazı eda ediliyordu. Onun için Cizrelerin gönlünde bir başka yeri var. Cizre'de hac ibadetinden dönen kardeşlerimiz 3 gün burada kalıyorlardı. Bölgede yapılan bütün sulhlar burada yapılıyordu. 19. yüzyıla kadar bölgede yetişmiş büyük alimlerin çoğunluğu burada ders görmüşler.

Gördüğümüz revakların birisi hadis ilmiyle, birisi Kur'an ilmiyle, birisi tecvit ilmiyle iştikak oluyorlardı. Cizre'de kılınan cenaze namazlarının yüzde 90'ı burada kılınıyor. Ondan sonra mevlit kandilleri diğer kandiller olsun ya da cuma günlerinde eda ettiğimiz cuma namazları olsun insanlar ulu camiyi tercih ediyorlar. Çünkü içerisinde sahabelerin secdeye vardığı bir camide namaz kılmak gibi bir şerefe ulaşmak istiyorlar. Cizre'ye gelen yerli ve yabancı turistlerimiz de burayı merak ediyorlar, ibadet için geliyorlar. Cizre'nin en büyük camisi, en eski camisi ve kadim camisi olması nedeniyle tercih edilen camilerinden birisidir" ifadelerini kullandı.

Cizre Ulu Camii'nin yüzyıllardır ibadet merkezi olduğu aktaran araştırmacı yazar Abdulaziz Bilge, "Cizre Ulu Camimiz çok kadim bir mabettir. 639'dan önce burası kilisesiydi. İslamiyet'le müşerref olduktan sonra burası 639'da camiye çevrildi ve fetih camisi olarak hizmet etmeye devam etti. Asırlar boyunca tabii boyunca pek çok yıkıma tahribata uğradığı için onarımdan geçti. Abbasiler döneminde bir onarım geçirdi. Zengî Atabeyi Ebü’l-Kasım Mahmud al Sencer Şah tarafından da bir onarım gördü. Daha sonraki yıllarda da devamlı onarım görerek bu zamana kadar geldi.

Ulu Camii'nin önemli simgelerinden birisi de dörtgen şeklinde inşa edilmiş olan minaresidir. 13 yüzyılda yapılmış minaresi tarih boyunca kaynaklarda yer edinmiştir. 17. yüzyılda Cizre Ulu Camii'ne uğrayan Evliya Çelebi de buradan bahsetmektedir. Ulu Cami'nin bir minaresinin dörtgen şeklinde olduğunu ifade eder ve önemli bir şey daha da nakleder Evliya Çelebi, Cizre Ulu Camii'nin maneviyatını değinir ve dualarının burada kabul bulunduğuna işaret eder. Bu noktada da Cizre Ulu Camii'nin maneviyat önünde de çok önemli bir yer tuttuğunu bize tarihten gelen bu bilgilerle aktarmaktadır" dedi.