Bir dönem gladyatör dövüşlerine ev sahipliği yapan tiyatro, Hristiyanlığın ardından tiyatronun yasaklanmasıyla birlikte dini alan olarak kullanıldı. 358, 362 ve 368 yıllarındaki büyük depremlerde zarar görüp onarılan tiyatro, İznik'in savunulması için feda edilirken, tiyatrodan sökülen parçalar surların güçlendirilmesinde kullanıldı. Kültür ve Turizm Bakanlığı'nın izniyle ilk olarak 1980 yılında kazı çalışmalarının başladığı Roma Tiyatrosu'ndaki kazılar, Bursa Büyükşehir Belediyesi'nin devreye girmesiyle 2016 yılından itibaren Dokuz Eylül Üniversitesi Arkeoloji Bölümü'nün başkanlığındaki bir ekip tarafından sürdürülüyor.