Mevlid, "kutlu doğum" demektir. Hz. İbrahim Peygamberin yanı başındaki mağarada doğduğuna inanıldığından, camiye Mevlid-i Halil Camii adı verilmiştir.

Mevcut kaynaklara göre yapı beş büyük evre geçirmiştir.

İlk olarak Seleukoslar döneminde alana, bir putperest tapınağı yapılır. Yahudilik döneminde aynı alanda bir havranın varlığından bahsedilir.

Hristiyanlığın ilk dönemlerinde, MS150 yılında, aynı alana Hristiyanlar Kilisesi adında bir kilise inşa edilir.

Bizans döneminde bu alana Urfa Ayasofyası yapılır.

Son olarak; Osmanlı döneminde 1523 yılında Muhammed Salih Paşa tarafından aynı alana cami inşa edilmiştir.

Dikdörtgen bir plana sahip olan caminin, mağara ile arasındaki duvar üzerine camiye dönüştürülürken küçük bir minare yapılmıştır.

Ayrıca caminin güneydoğusuna ve kuzeybatı köşesine de iki minare daha eklenmiştir.

Kitabelerine göre cami; Muhammed Mes’ud (1816) ve Mahmut oğlu Mahmut (1852) tarafından onarılmış; cami avlusuna Urfalı Ahmet Bican Paşa(1855) ve Derviş Musa tarafından (1887) odalar eklenmiştir.

Yapı, son olarak Urfalı Mutasavvuf Şeyh Müslüm Hafız başkanlığında halkın desteğiyle 1951 yılında restore edilmiştir.

Halk tarafından Mevlid-i Halil Mağarası’ndan çıkan suyun zemzemden sonra en şifalı su olduğu kabul edilmektedir.