Bir uçağı radarda görünmez kılmak mümkündür, ancak onu termodinamik olarak yok etmek imkansızdır. Kızılötesi Arama ve Takip (IRST) sistemleri, uçağın yaydığı elektromanyetik spektrumun "ısı" (infrared) kısmına odaklanır. F-35'in motoru, uçağı sesten hızlı uçurabilmek için binlerce derecelik bir yanma ısısı üretir. Bu ısı, sadece egzoz çıkışından değil, aynı zamanda uçağın gövdesinin hava molekülleriyle sürtünmesi sonucu oluşan "aerodinamik ısınma" yoluyla da yayılır. Radar sistemleri dışarıya bir sinyal gönderip (aktif) yankısını beklerken, IRST sistemleri sadece ortamdaki ısıyı dinler (pasif). Bu, bir ormanda fener yakarak birini aramak yerine, birinin sigarasının ucundaki koru gizlice izlemeye benzer. İran'ın Bavar-373 gibi sistemlerine entegre ettiği yüksek çözünürlüklü termal kameralar, F-35'in soğutma sistemlerine rağmen motorun yarattığı termal parlamayı ve gövdedeki sıcaklık farkını 100- 150 km mesafeden saptayabilir.