Üniversitenin yalnızca bir eğitim kurumu olmadığını belirten Şimşek, FSMVÜ’nün köklü bir vakıf geleneğinin ve medeniyet tasavvurunun temsilcisi olduğunu ifade ederek, Ayasofya Medresesinde yetişen ilim öncülerinden ise şu şekilde bahsetti: “Sahn-ı Seman Medreseleri, Osmanlı ilim dünyasında sistematik düşüncenin, disiplinler arası yaklaşımın ve ilmi sürekliliğin kurumsallaştığı başlıca yapılardan biri olmuştur. Buradan yetişen Ali Kuşçu, Molla Hüsrev, Hocazâde Muslihuddin, Taşköprülüzâde Ahmed Efendi, Kınalızâde Ali Efendi, Ebussuud Efendi ve İbn Kemal gibi büyük âlimler, yalnızca kendi çağlarını değil, sonraki yüzyılları da etkilemiş; bilgiyi sadece teorik düzeyde üretmekle kalmamış, aynı zamanda onu toplumla buluşturarak düşünce geleneğinin sürekliliğine katkı sunmuşlardır.”