Sekizgen kasnak üzerine oturan kubbeyle örtülü Emir Sultan Camii’nin; dikdörtgen bir planda, ahşap kolonlar üzerinde kemerli ahşap revaklarla sarılı geniş şadırvan avlusu, yapının ana şemasını oluşturmaktadır. İbadet yeri ile türbenin bulunduğu eksene ise minareler yerleştirilmiştir. Caminin beden duvarlarında kırk, kasnağında on iki adet büyük pencere olup caminin içi son derece aydınlıktır. Camideki süslemeler de son derece değerli olup camideki pencerelerin etrafı mukarnaslarla işlenmiş ve İznik çinileriyle yaptırılan mihrabın üstüne, Rumi motiflerle süslü alınlıklar yerleştirilmiştir.