Yusuf Kaplan hayatını kaybeden tarihçi Prof. Dr. İlber Ortaylı hakkındaki paylaşımında ağır eleştirilerde bulundu. Ayrıca Kemalist Ortaylı'nın tıpkı kemalist Halil İnalcık gibi Fatih Sultan Mehmed'in yanına gömülmesini eleştiren Kaplan 'Şehid Esad Coşan Hocamızın cenazesinin Fatih Camii'nin haziresine gömülmesini reddeden yetkililerin İlber Ortaylı'nın cenazesinin oraya gömülmesine onay vermesini protesto ediyorum.' ifadelerini kullandı.