Cumhurbaşkanı seçimi bahane edilerek 27 Nisan 2007'de Genelkurmay Başkanlığının internet sitesinde yayımlanan "e-muhtıra", demokrasi tarihinde kara bir leke olarak anılıyor. Türkiye'de ilk olma özelliği taşıyan muhtıraya karşı hükümetin bir gün sonra yaptığı açıklama, Türk demokrasisi açısından kırılma noktası oldu. Dönemin Genelkurmay Başkanı Orgeneral Yaşar Büyükanıt'ın kaleme aldığını söylediği muhtıra, 29 Ağustos 2011'de internet sitesinden kaldırılırken muhtıraya ilişkin 2012'de başlatılan soruşturma dosyanın tek şüphelisi Büyükanıt'ın 21 Kasım 2019'da hayatını kaybetmesinin ardından kapandı.